Μεταξύ των κύριων σκοπών του ΚΕ.Σ.Ε.Κ.Ε. περιλαμβάνονται:

• Η διεξαγωγή ερευνών και μελετών σχετικά με τη σχολική, επαγγελματική και κοινωνική ένταξη των ειδικών ομάδων: μαθητών, σπουδαστών   και φοιτητών με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες και, γενικώς, Ατόμων με Αναπηρία (A.M.A.). Στην περίπτωση των ενηλίκων Α.Μ.Α. περιλαμβάνονται και ζητήματα επαγγελματικού προσανατολισμού και συνεχιζόμενης μάθησης.

• Η αρχική εκπαίδευση και επιμόρφωση εκπαιδευτικών αλλά και όλων όσοι έχουν αναλάβει το έργο της σχολικής, επαγγελματικής και κοινωνικής ένταξης Α.Μ.Α. τόσο στον τομέα της σχολικής εκπαίδευσης όσο και σε άλλους τομείς (επαγγελματικό , κοινωνικό κ.ά).

• Η εκπόνηση πληροφοριακού υλικού για την εφαρμογή του ανωτέρω έργου καθώς και για την ενημέρωση των φοιτητών του Πανεπιστημίου Αθηνών και άλλων Ιδρυμάτων κατά τη διάρκεια σχετικών σπουδών.

• Η συλλογή ή/και εκπόνηση μεθόδων, μέσων και τεχνικών σχολικής, επαγγελματικής και κοινωνικής ένταξης πληθυσμών που χαρακτηρίζονται ως «ειδικές μειονεκτούσες κοινωνικές ομάδες».

• Συνεργασία με άλλα κέντρα, ινστιτούτα και ιδρύματα ή οργανισμούς τόσο στο εσωτερικό όσο και στο εξωτερικό που ασχολούνται με παρόμοια θέματα.

• Διοργάνωση σεμιναρίων και εκδηλώσεων που προωθούν τους σκοπούς του Κέντρου.